دانشجویانی که می خواهند در حوزه مدیریت سازمانی کار کنند از ادامه تحصیل در زمینه MBA مدیریت بهره مند خواهند شد. دوره ها ی موجود در این برنامه تحصیلی کارشناسی ارشد’ احتمالاً شامل حسابداری، بازاریابی، حقوق بازرگانی، تدارکات، ارتباطات، حل و فصل تعارضات، اخلاق، رهبری و روابط عمومی می گردد.

ساکنان سودان جنوبی باید این گزینه به دنبال آموزش عالی در هر دو یک دانشگاه یا یک مدرسه حرفه ای. هر چند که کمبود هر دو نهاد وجود دارد، چندین برنامه در محل به گسترش چشم انداز فعلی آموزش عالی در سودان جنوبی هستند.

کارشناسی ارشد مدیریت بازرگانی (MBA) یک درجه تحصیلی حرفه ای است و به افرادی اعطا می شود که در رشته مدیریت بازرگانی در یک مدرسه بازرگانی تحصیل نموده اند. در این رشته اشکال مختلف تحلیل ها و استراتژی ها از جمله گردانندگی امور، بازاریابی، امور مالی و حسابداری تحت پوشش قرار می گیرد.